2、大量的空气通过硅胶会使溶剂挥发(有时在固相萃取柱外面有水汽凝结);第二，可能会造成易分解物质的损失;第三，抽气泵的使用，会延长过柱萃取时间，增加噪音。固相萃取柱加压是一种较好的使用方式，特别适用于易分解样品的分离。加压可以增加淋洗剂的流动速度，减少产品收集时间，缺点是：，减低柱子的塔板数;
1、压力过大，溶剂流速过快减低分离效果，所以柱加压在普通的有机化合物的分离中较适用。其他条件相同时，常压柱效率高，但耗时，比如天然化合物的分离。
二、spe固相萃取小柱的尺寸选择理想的固相萃取柱类型应该是内径和长度均较大。柱长加大，相应的塔板数则高，柱内径较大，进样后样品的原点则小(反映在柱子上就是样品层较薄)，分离度变大。缺点是采用内径较大的萃取柱需较多的硅胶和溶剂，增加实验成本。现在常用萃取柱直径与长度比一般在1∶5～1∶10，固定相硅胶量是样品量的30～40倍。萃取柱较短内径较小，相应的塔板数则低，进样后样品的原点则大(反映在柱子上就是样品层较厚，样品层在固相萃取柱内小于0.5cm，各组分较容易*分离)，分离度变小。
如果所需组分和杂质分离度较大(所需组分分离度r>1)，使用硅胶较少、内径较小的萃取柱(例如200毫克的样品，用2cm×20cm的柱子);如果所需组和杂质分离度较小(所需组分分离度r<1)，可以加大萃取柱内径，也可使用极性较小的淋洗剂等。